Parti KeADILan Nasional kemudiannya membentuk pakatan Barisan Alternatif (BA) dengan PRM, Parti lslam Se-Malaya (PAS) dan Parti Tindakan Demokratik (DAP). Pada pilihan raya umum 1999, Parti KeADILan Nasional berjaya memenangi 5 kerusi Parlimen di Pulau Pinang, Kelantan dan Terengganu serta 4 kerusi Dewan Undangan Negeri di Selangor, Pahang, Pulau Pinang dan Negeri Perak. Pada pilihan raya kecil Lunas di negeri Kedah pada 29 November 2000 atas kematian Dr. Joe Fernandez, calon Keadilan, Saifuddin Nasution menewaskan calon Barisan Nasional dan menjadi ADUN kelima dari Parti KeADILan Nasional. Kejayaan ini menafikan majoriti dua pertiga Barisan Nasional di negeri Kedah.

Pada Februari 2003, KeADILan telah bergabung dengan Parti Rakyat Malaysia (PRM) dan mengambil nama seperti sekarang. Populariti UMNO dan BN yang pulih dengan kejayaan Dr. Mahathir menyelamatkan Malaysia dari krisis kewangan 1997, dan persaraan Dr. Mahathir telah menenggelamkan gerakan reformasi dan pengaruh PKR yang makin dilihat oleh rakyat sebagai parti yang hanya memperjuangkan kepentingan peribadi Anwar. Pada tahun 2004 KeADILan hanya memenangi sebuah kerusi Parlimen pada pilihan raya umum pada tahun itu, iaitu di Permatang Pauh yang disandang oleh Presidennya sekarang, Datin Seri Dr. Wan Azizah.

Pengaruh PKR tampak pulih setelah Anwar dibebaskan dari penjara Sungai Buloh. Sentuhan pertama Anwar ialah pada Mei 2006 semasa pilihan raya Sarawak 2006, yang mana Keadilan berjaya menawan 1 kerusi menerusi Dominique Ng yang memenangi kerusi tersebut mengalahkan penyandang, Lily Wong (SUPP-BN) di DUN Padungan. [52]